香港科大深圳研究院(ShenzhenResearchInstitute)成立于2001年，是深圳市政府批准成立的事业单位，与北京大学、清华大学等38家院校一起首批加入深圳虚拟大学园。深圳研究院承担科大本部在深圳的联络工作。研究院的主要工作包括：协助科大内地招生工作，为科大在深圳企业及实验室提供联络、项目管理等服务，为科大和深圳的相关企事业单位、政府部门提供沟通协调的桥梁等。